Kann eine chemische Spezies in unterschiedlichen Kristallstrukturen, d.h. in Form von verschiedenen Mineralen, vorliegen, so werden die Minerale als Modifikationen der Spezies bezeichnet. Die Spezies SiO₂ kann in Form der Modifikationen Tiefquarz, Hochquarz, Tridymit, Cristobalit, Coesit oder Stishovit vorliegen. Die Modifikationen unterscheiden sich in ihren Stabilitätsbedingungen.

Weiteres Beispiel: Al₂SiO₅ mit Andalusit, Sillimanit und Kyanit (Disthen).

Existieren mehrere Minerale mit ein und derselben chemischen Zusammensetzung, wird dies auch Polymorphie genannt.