Pelecypoden sind, vollständig oder in Teilen erhalten, häufige Bestandteile von marinen (ab Kambrium) und nichtmarinen (ab Karbon) Karbonaten. Sie lebten und leben als Endobenthonten in Weichböden, als Epibenthonten auf dem Sediment, pseudoplanktonisch, oder sie können festes Material anbohren. Sie sind an verschiedenste Wassertiefen sowie Salinitäts- und Temperaturbereiche angepasst und tolerieren auch unterschiedliche Intensität der Wasserbewegung. Im marinen Bereich kommen sie daher vom Strand über den Schelf bis in größere Wassertiefen vor.

Einige Muscheln bauen Riffkörper auf. Das sind vor allem Austern und Rudisten. Letztere sind pachydonte, kelchförmige Formen, die in der Kreide lebten. Die entsprechenden Riffgürtel, zum Beispiel im Nahen Osten, haben als Erdöl- und Erdgas-Reservoire eine große Bedeutung.

Pelecypoden-Schalen sind Bestandteil allochthoner Schillakkumulationen. Weitere Begriffe dafür sind Lumaschellen oder Coquinas. Eine genauere Analyse der Lagerung, Packung und Erhaltung der Schalen sowie weiterer bankinterner Gefüge erlaubt Rückschlüsse auf Aufarbeitungs- und Transportprozesse im Ablagerungsraum. Als Event-Konzentrationshorizonte zeigen sie kurzfristige Sturmereignisse an. Als Kondensationshorizonte entstanden sie bei geringer Sedimentationsrate während längerer Zeitspannen. Als sogenannte Lag-Ablagerungen zeigen sie eine Auswaschung feinkörniger Matrix durch Strömungen, häufig in Zeiten der Nicht-Sedimentation, an. Solche Lumaschellen werden damit zu Leit- (Marker)-Horizonten, die eine teils beckenweite Korrelation ermöglichen.

Weitergehender Zerfall liefert teils erhebliche Mengen an Karbonatsand, der vermischt mit anderen Kompomenten zu Karbonatsandbarren zusammengeschwemmt werden kann.