Der Name Onkolith leitet sich von griechisch "onko" für Wucherung und "lithos" für Gestein ab. A. Heim führte den Begriff "Oncoid" für rundlich-lappige Komponenten ein. Pia sprach 1926 von "Oncolithi" für Knollen im Gestein. Algen-Bakterien-Onkoide zählen zu den Stromatolithen. Nach deren morphologischer Klassifkation werden sie als "Typ ss" (spheroidal stromatolites) nach Logan bezeichnet. Zu den Algen-Onkoiden zählen auch die Rhodoide, die durch inkrustierende Rotalgen aufgebaut werden. Andere genetische Hauptgruppen sind zoogene Onkoide, z.B. Foraminiferen-Onkoide, Serpuliden-Onkoide, Bryozoen-Onkoide oder Bryoide, die durch inkrustierende sessile Organismen gebildet werden. Eine dritte genetische Hauptgruppe sind die Mikrit-Onkoide.

Andere Nomenklaturen basieren z.B. auf der Größe der Onkoide oder ihrer Morphologie. Typ C sind konzentrische Onkoide, deren Gestalt von der Kerngestalt abhängt. Typ R weist durch lokal schnellere Anlagerung, domartig gewölbte Bereiche auf. Typ I sind komplexe Onkoide, die durch Unterbrechung der Onkoidbildung, also Erosion und Umlagerung, interne Diskordanzen aufweisen.